שביל ישראל לאופניים יצר הזדמנות מיוחדת שבה חברו יחדיו מספר רב של גופים ממשלתיים, עמותות רוכבי אופניים ורוכבים בעלי ניסיון ועניין - כדי לדון בסוגיות הקשורות לרכיבה על אופניים שעד כה לא טופלו בצורה מסודרת. אחת הסוגיות המורכבות והטעונות שהתעוררו בעקבות הגידול במספר רוכבי אופני ההרים היא מידת הפגיעה של רוכבי האופניים בטבע והשאלה אם לשלב את המשתמשים השונים באותו שביל או להפריד בין המשתמשים השונים.
קונפליקט זה בא לידי ביטוי ביחסים בין מנהלי השטחים הפתוחים והמשתמשים הרגליים ובין הרוכבים.
שביל ישראל לאופניים, המתוכנן לחצות את המדינה כולה ולעבור בכל סוגי השטחים הפתוחים - צריך לקבוע את "כללי המעבר" בשטחים השונים שהוא חוצה.