שביל ישראל לאופניים יעבור במגוון השטחים הפתוחים של ארץ ישראל -ביערות קק"ל, בשמורות הטבע, בשטחי האש ובשטחים החקלאיים.
משרד החקלאות ופיתוח הכפר הינו שותף לקידום, תכנון וביצוע שביל ישראל לאופניים, והוא לקח על עצמו להכין הנחיות תכנון למעבר השביל והרוכבים בשטחים החקלאיים.